Latar ceritanya adalah dunia paralel dari Fate/stay night di mana Greater Grail secara misterius menghilang dari Fuyuki setelah Perang Cawan Suci Ketiga. Setelah bertahun-tahun sunyi, sekitar waktu yang sama ketika Perang Cawan Suci Kelima seharusnya terjadi, Yggdmillennia, sebuah keluarga penyihir, secara terbuka menyatakan pemisahan mereka dari Asosiasi Penyihir, dan bahwa mereka memiliki Cawan Suci tersebut. Asosiasi mengirimkan lima puluh penyihir untuk mengambilnya, dan semuanya kecuali satu orang langsung dibantai oleh Servant misterius. Satu-satunya yang tersisa berhasil mengaktifkan sistem cadangan Greater Grail, yang memungkinkan pemanggilan empat belas Servant secara total. Di kota Trifas, dua faksi akan bertarung untuk menguasai relik suci, masing-masing memiliki tim tujuh Servant mereka sendiri: Faksi Hitam yang anggotanya adalah bagian dari Yggdmillennia, melindungi Cawan Suci, dan Faksi Merah yang anggotanya dikirim oleh Asosiasi Penyihir, berusaha merebut kembali Cawan Suci. Untuk sebuah peristiwa sebesar ini, Cawan Suci itu sendiri memanggil Servant-nya sendiri, Ruler yang suci, untuk mengawasi konflik. Ini menandai dimulainya Perang Cawan Suci Besar.