Menuju akhir abad ke-19, Allen Walker secara resmi bergabung dengan organisasi Exorcists yang menghancurkan makhluk yang dikenal sebagai Akuma; senjata mekanik yang dibuat oleh Millennium Earl dengan jiwa-jiwa yang menderita dari orang-orang yang telah meninggal. Allen memiliki mata terkutuk dan senjata anti-Akuma sebagai lengan, yang memiliki kekuatan "Innocence," sebuah hadiah yang diberikan kepadanya sebagai rasul Tuhan. Allen, bersama dengan rekan-rekan Exorcists-nya, harus menghentikan rencana akhir Millennium Earl yang dapat mengarah pada kehancuran dunia dan semua yang hidup di dalamnya.