Complications berfokus pada dokter pinggiran kota yang kecewa, John Ellison, yang sambil masih menghadapi dampak emosional dari kematian putrinya, secara tak terduga menjadi pahlawan vigilante ketika ia campur tangan dalam penembakan drive-by, menyelamatkan nyawa seorang bocah laki-laki. Ketika John mengetahui bahwa bocah itu masih menjadi target kematian, ia terpaksa menyelamatkannya dengan cara apa pun. Dalam perjalanan ini, ia harus mengorbankan moralnya, sering kali melakukan hal yang salah untuk alasan yang benar. Serial ini juga menampilkan Gretchen, seorang perawat yang sembrono tetapi mampu; istri John, Samantha, yang sambil berusaha mendukung suaminya juga berjuang dengan masalahnya sendiri; dan rekan kerja John yang patuh pada aturan, Dr. Bridget O'Neill, yang mendapati dirinya harus menghadapi konsekuensi dari tindakan John.