Okazaki Tomoya adalah siswa tahun ketiga di sebuah sekolah menengah di Jepang, dan tidak menganggap serius studinya. Selalu terlambat masuk kelas, ia dipandang sebagai seorang nakal oleh teman-teman sekelasnya yang sibuk mempersiapkan ujian masuk perguruan tinggi. Tak perlu dikatakan, ia tidak memiliki terlalu banyak teman dekat. Namun, Tomoya tampaknya tidak keberatan — hingga suatu hari ia bertemu dengan seorang gadis, Furukawa Nagisa, yang ditinggalkan sendirian tanpa teman di sekolah karena semua orang yang ia kenal sudah lulus. "Gadis yang canggung," pikirnya pada awalnya. Namun, berbicara dengannya terasa alami dan, sambil membantunya, ia bertemu beberapa gadis lain dari sekolahnya. Meskipun ia tidak terlalu peduli pada mereka di awal, ia segera membuka hatinya saat mereka saling mengenal lebih baik.