Kemampuan khusus muncul di antara persentase kecil anak laki-laki dan perempuan yang sedang mengalami pubertas. Yū Otosaka menggunakan kekuatannya tanpa diketahui orang lain, dan menjalani kehidupan sekolah yang cukup normal dan biasa. Tiba-tiba, seorang gadis, Nao Tomori, muncul di hadapannya. Karena pertemuannya dengan dia, nasib para pengguna kekuatan khusus akan terungkap.