B: The Beginning berlatar di masa depan di mana para ilmuwan telah berusaha menciptakan "manusia sempurna" dengan harapan menjaga perdamaian di alam semesta. Setelah hampir mencapai tujuan mereka melalui beberapa anak, para ilmuwan mengirim "manusia baru" mereka untuk pelatihan lebih lanjut di mana mereka diculik oleh organisasi jahat yang bertekad menggunakan kekuatan mereka untuk menerapkan konsep tatanan dunia baru mereka sendiri.