Tahun 2046. Haruyuki Arita adalah seorang anak laki-laki yang mendapati dirinya berada di tingkatan sosial terendah di sekolahnya. Merasa malu dengan kehidupannya yang sengsara, Haruyuki hanya bisa bertahan dengan tenggelam dalam permainan virtual. Namun, semua itu berubah ketika Kuroyukihime, gadis paling populer di sekolah, memperkenalkannya pada program misterius bernama Brain Burst dan dunia virtual bernama Accel World.