Treadstone explore l'histoire d'origine et les actions actuelles d'un programme d'opérations clandestines de la CIA connu sous le nom de Treadstone — une opération secrète qui utilise un protocole de modification du comportement pour transformer ses agents en assassins quasi invincibles et surhumains. La série suit des agents dormants à travers le monde alors qu'ils sont mystérieusement "réveillés" pour reprendre leurs missions mortelles.