Les Headmasters commencent avec Galvatron menant une nouvelle vague de Destrons pour déclarer la guerre à Seibertron, les Headmasters Destrons. Les Cybertrons sont sauvés par l'arrivée des Headmasters Cybertrons, menés par Fortress (Cerebros, la tête de Fortress Maximus). On découvre que Fortress a quitté Seibertron il y a des millions d'années à la recherche d'énergie, et qu'ils ont enfin réussi à rentrer chez eux. Il explique que les Headmasters viennent d'une planète appelée Master ; les robots de la taille humaine qui y vivent se sont construits des corps de la taille des Transformers.