Dix ans ont passé depuis la bataille fatidique contre Unicron. De nombreux Decepticons ayant combattu lors de cet affrontement ont uni leurs forces aux Autobots pour extraire de l'Energon, une source d'énergie alternative. Mais une nouvelle menace a émergé : Alpha Q, qui projette de voler l'Energon aux Autobots avec l'aide de Scorponok et des Terrorcons. Ce nouveau mal cherche à ressusciter Megatron et Unicron afin de rallumer les anciennes flammes de la guerre.