Loin à travers l'univers, une bataille acharnée fait rage sur la planète lointaine de Cybertron. Là, les héroïques Autobots et les maléfiques Decepticons s'affrontent pour un ensemble de robots appelés les Mini-Cons, dont le pouvoir peut améliorer les capacités d'un Transformer au combat. Réalisant que la bataille pour les Mini-Cons s'avérait trop coûteuse, les Transformers ont envoyé les Mini-Cons loin de Cybertron dans un grand vaisseau, mais lorsque le vaisseau s'écrase sur une planète isolée, cela déclenche une chaîne d'événements qui mène finalement à la rivalité acharnée entre les Autobots et les Decepticons qui se déroule sur Terre. Une fois sur Terre, la bataille pour les Mini-Cons recommence, les Autobots gagnant de nouveaux alliés humains dans leur quête pour localiser tous les précieux "outils intelligents" avant que les Decepticons ne puissent utiliser leur pouvoir pour dominer la galaxie... mais alors que la bataille fait rage, un mal plus grand rôde dans l'ombre, le géant destructeur de planètes Unicron...