Le Prisonnier raconte l'histoire d'un homme, Six, qui se réveille pour se retrouver inexplicablement piégé dans un endroit mystérieux et surréaliste, Le Village, sans aucun souvenir de la façon dont il est arrivé là. Alors qu'il explore frénétiquement son nouvel environnement, il découvre que les habitants du Village sont identifiés par un numéro, n'ont aucun souvenir d'une existence antérieure et sont sous surveillance constante. Le Village est contrôlé par un homme - le sinistre et charismatique Deux. Tout au long de la série, Six et Deux sont engagés dans une bataille d'esprit, alors que Six défie la nature oppressive du Village et lutte pour découvrir la vérité qui le sous-tend.