The Passage suit le Projet NOAH, un centre médical secret où des scientifiques expérimentent un virus dangereux qui pourrait mener à la guérison de toutes les maladies, mais qui porte aussi le potentiel d'anéantir la race humaine. Lorsqu'une jeune fille est choisie pour être un sujet d'essai, un agent fédéral est chargé de la ramener, mais finit par devenir son père substitut, déterminé à la protéger à tout prix – même alors que les travaux du Projet NOAH menacent de déclencher une apocalypse inimaginable.