Paradigm City est un lieu sans passé. Il y a 40 ans, un événement a effacé la mémoire de tous ses habitants. Malheureusement, les habitants de Paradigm City étaient très occupés avant cela, fabriquant des Mégadeus (des robots géants) et des monstres. Les personnes nées après l'amnésie retrouvent des souvenirs du passé et les utilisent pour créer de nouvelles menaces. Roger Smith veille à la sécurité de Paradigm City avec l'aide du Big O (un fidèle robot géant), de son majordome Norman et de l'androïde Dorothy. Alors que les problèmes s'accumulent et que de plus en plus de souvenirs refont surface, le passé de Roger et l'avenir de Paradigm commencent à être remis en question...