"Mission T" est une guerre d'ombres menée par des espions et des services secrets pour empêcher la destruction du monde. L'histoire suit Botan Negoro, qui s'est entraînée comme ninja depuis son enfance et est devenue une espionne talentueuse. Elle fait équipe avec Kuruma, un espion au flair théâtral, dans une nouvelle mission où le sort du monde est en jeu : récupérer le "Cristal Tesla", l'"héritage" du génial inventeur serbo-américain Nikola Tesla. Mais d'autres pays et leurs agents sont déjà à l'œuvre pour s'emparer du Cristal Tesla, et Botan et Kuruma devront faire preuve de toute leur ruse pour les déjouer.