Strike Witches se déroule dans une version alternative de 1944, où les événements de la Seconde Guerre mondiale diffèrent grandement de ce que nous connaissons. Des envahisseurs extraterrestres, appelés Neuroi, sont arrivés sur Terre en 1939. Ce n'est pas la première apparition des Neuroi, car ils sont apparus à intervalles apparemment aléatoires tout au long de l'histoire humaine. Bien que les Neuroi attaquent principalement l'humanité à l'aide d'aéronefs, leur vaisseau mère est capable de produire un miasme mortel, un produit chimique mortellement toxique pour les humains, forçant les populations des zones touchées à fuir leurs foyers. Les Neuroi utilisent ensuite les zones empoisonnées pour piller les ressources naturelles de la Terre afin de les utiliser contre l'humanité. Heureusement, le miasme ne peut pas se propager sur l'eau, faisant de l'océan la principale ligne de défense de l'humanité contre les Neuroi. Les humains normaux étant incapables de combattre dans le miasme, les sorcières sont devenues le fer de lance de la défense militaire contre les Neuroi. Chaque sorcière est capable de déployer un champ défensif autour d'elle qui non seulement bloque le miasme, mais les protège également des attaques physiques. Utilisant des machines montées sur les jambes, appelées Striker Units, pour voler au combat, les sorcières utilisent leurs capacités magiques pour manier des armes dévastatrices trop grandes et encombrantes pour une personne normale. La série suit les batailles menées par la 501ème Escadre de Chasseurs Combinés, qui combat en première ligne pour défendre les îles Britanniques contre les Neuroi. L'humanité parviendra-t-elle à reprendre la Terre et à ramener la paix chez elle ? Découvrez-le dans Strike Witches !