Spider-Man reprend là où le film à succès du même nom s'est arrêté. La série suit les aventures du super-héros Peter Parker et de ses amis, Harry Osborne et Mary Jane Watson, durant leur première année d'université à l'Empire State University. Parker doit jongler entre ses études, son travail de concepteur web/photographe pour le Daily Bugle et une relation en dents de scie avec l'amour de sa vie, tout en luttant pour protéger le monde des super-vilains.