Petits Prophètes est le récit comique de l'excentrique Michael Sleep qui, depuis la disparition de sa chère Clea il y a sept ans, mène une vie des plus ordinaires. Il mange des Shreddies, travaille dans un magasin de bricolage, rend visite à son père Brian et espère le retour de Clea. C'est ainsi que les choses se passent, jusqu'au jour où son père Brian partage une vieille recette impliquant de l'eau de pluie, du fumier de cheval et une bonne dose d'alchimie. Avec la recette en main, Michael se lance (non sans un certain scepticisme) dans la création d'homoncules – des esprits prophétiques magiques capables de prédire l'avenir – dans l'espoir qu'ils détiennent la réponse à sa question brûlante : « Revois-je Clea un jour ? ». Michael reçoit l'aide de sa jeune collègue Kacey, une amitié improbable qui s'épanouit en partie (mais pas entièrement) grâce à leur aversion mutuelle pour le chef de magasin, Gordon. Leur amitié ajoute à la frustration et à l'intrigue de leurs voisins curieux, obsédés par l'idée de découvrir ce diable se passe dans le cabanon de jardin.