Secret Service suit le parcours de Kate Henderson, une haute fonctionnaire du MI6. Pour ceux qui ne la connaissent pas bien, sa vie semble ordinaire : elle est mariée, a deux adolescents et travaille dans la fonction publique. Cependant, le véritable travail de Kate consiste à diriger le département Russie du Secret Intelligence Service. Lorsque ses opérations secrètes révèlent des preuves alarmantes qu'un haut responsable politique britannique serait potentiellement un agent russe de haut niveau, Kate se lance dans une course contre la montre pour découvrir son identité. Puis, une jeune femme est brutalement assassinée, projetant Kate et son équipe sous les feux des projecteurs. Avec du sang sur les mains, sa réputation à défendre, sa famille au bord du gouffre et des élections imminentes, Kate voit ses options se réduire rapidement et le temps lui est compté…