Le Monde Bleu, qui symbolise la raison, est constamment attaqué par des créatures appelées les Nightfly O'Note, originaires du Monde Rouge, symbole de l'instinct. Akira Asagi, la protagoniste de 17 ans, chercheuse au Monde Bleu, est nommée pour diriger la guerre à Ryuukyuu LAG, une fière installation de défense sur les îles d'Ishigaki et d'Iriomote. Elle y rencontre la sixième unité de combat "IS", formée quatre ans après une bataille acharnée qui a anéanti la cinquième unité. Akari doit mener ces six cavaliers, également appelés les Scared Rider Xechs, à combattre l'autre monde tout en approfondissant les relations entre eux.