Samurai Jack est un samouraï brave et honorable venu d'un passé lointain, piégé dans un futur cauchemardesque. Il est terrorisé par son ennemi juré, le démon maléfique capable de se transformer, Aku. Il cherche un moyen de retourner dans le passé afin de pouvoir arrêter Aku une bonne fois pour toutes.