Au printemps, lorsque les pétales des cerisiers tombent, Yū Narukami s'installe à Yaso Inaba pour vivre avec son oncle et sa cousine, en raison des circonstances familiales. Il intègre le lycée Yasogami, où sa vie scolaire riche en événements commence. Cependant, lorsque des meurtres en série commencent à frapper la paisible ville, Yū éveille la puissance de son cœur matérialisé : un Persona. Au cœur de ces nouveaux mystères se trouve Marie, une résidente du monde alternatif, la Chambre d'Ébène, qui n'a aucun souvenir de son passé. Aux côtés de ses amis, Yū doit résoudre toutes les énigmes qui se présentent à lui et sauver Yaso Inaba de la violence.