Ninja Senshi Tobikage raconte l'histoire d'un jeune garçon nommé Joe Maya. Un jour, Joe, qui vit sur Mars, est témoin d'une bataille entre extraterrestres. Ceux de la Planète Zaboom attaquent la princesse de la Planète Radorio, qui s'est échappée de l'empereur de Zaboom, dont le plan est de conquérir l'univers, et s'est écrasée sur Mars. Joe monte à bord du vaisseau de la princesse, déclenchant une réaction en chaîne d'événements qui changeront leurs vies. Joe et ses amis manient trois puissantes bêtes mécaniques contre l'empereur de Zaboom et ses forces, mais les chances sont largement défavorables. Alors que tout espoir semble perdu, un mystérieux robot ninja nommé Tobikage apparaît comme sorti de nulle part pour leur porter assistance. Capable de se combiner avec les 3 bêtes mécaniques, Tobikage acquiert une puissance inégalée. Avec son aide, Joe combat les forces de Zaboom...