La série tourne autour de Nadia, une jeune fille aux origines inconnues, et de Jean, un jeune inventeur français. Au début de l'histoire, les deux protagonistes sont pourchassés par Grandis Granva, Sanson et Hanson, un groupe de voleurs de bijoux qui poursuivent Nadia pour le pendentif bleu serti de joyaux qu'elle possède. Après avoir été secourus par le Capitaine Nemo et son sous-marin, le Super Sea Cruiser Nautilus, les voleurs de bijoux et les jeunes protagonistes unissent leurs forces et participent à la lutte contre les forces néo-atlantéennes, qui cherchent à dominer le monde. Dans ce processus, Nadia et Jean sauvent le monde de la domination violente des forces néo-atlantéennes dirigées par Gargoyle, explorent les mystères du monde et les pouvoirs du pendentif bleu, découvrent les liens familiaux cachés de Nadia, et finissent par révéler les origines secrètes de Nadia.