Au Japon féodal, le peuple d'Edo est assiégé par des insectes géants qui ravagent le pays. La population supplie désespérément le gouvernement d'agir. C'est ainsi que le Bureau du Magistrat des Insectes est créé, rassemblant de puissants guerriers pour défendre le territoire contre l'invasion des nuisibles. Mushibugyou suit Jinbee Tsukishima, un jeune homme qui aspire à devenir un maître épéiste, à l'instar de son père. Pour expier un incident terrible dont il est responsable, Jinbee cherche à prendre la place de son père au sein du Bureau du Magistrat des Insectes. En chemin, il rencontre la charmante Haru, une jeune femme qui aide à gérer la maison de thé familiale, et est contraint de faire bon usage de son épée pour la sauver d'un sort funeste. Cet acte de bravoure lui vaut une place au sein du Magistrat des Insectes. Ce nouveau chasseur de nuisibles parviendra-t-il à débarrasser le pays de la horde d'insectes qui l'envahit ?