En l'an U.C. 0096, la Division d'Information de l'Armée de la Fédération Terrestre ressent la menace du « Psycho-Frame » suite à l'incident de la « Boîte de Laplace ». Afin de percer le mystère, une équipe d'enquête est dépêchée vers l'astéroïde Axis, dont la chute vers la Terre a été empêchée grâce à l'influence du « Psycho-Frame ». Parmi les membres de cette équipe se trouvent Arlette Almage et Danton Hyleg, qui ont servi respectivement la Principauté de Zeon et Neo Zeon en tant qu'ingénieure et pilote d'essai. Lors de leur infiltration d'Axis, l'équipe d'enquête est attaquée par un nouveau type de Gundam dans une base où personne n'aurait dû se trouver. Arlette et Danton y rencontrent quelque chose qu'ils n'auraient jamais imaginé...