Dans cette suite de la série originale des années 1960, l'agent de l'IMF Jim Phelps sort de sa retraite lorsqu'un protégé est tué. Il forme une nouvelle équipe d'agents et décide de rester après que son protégé ait été vengé. Jim et son équipe s'attaquent à des "missions impossibles" pour le gouvernement, affrontant des espions et des criminels que les agences normales ne peuvent pas toucher.