En l'an 2067, huit ans après les événements de Macross Frontier, une nouvelle maladie mortelle, le « Syndrome Var », menace la galaxie. L'unité musicale tactique, les « Walkure », sous la protection de l'équipe Valkyrie « Delta », s'unissent pour combattre cette nouvelle menace. Lors d'une épidémie du Syndrome Var, l'unité Walkure est soudainement attaquée par la mystérieuse équipe Valkyrie « Chevaliers Aériens » du Royaume du Vent, dont les motivations restent un mystère...