Jake 2.0 suit un technicien informatique de la NSA, Jake Foley, qui est transformé en agent secret après avoir été accidentellement infecté par des nanobots, basés sur une nanotechnologie qui réduit la taille d'un ordinateur au niveau moléculaire, lui conférant des pouvoirs surhumains. Avec ses nouvelles capacités, il peut pirater n'importe quel appareil électronique et le contrôler. Son état médical et émotionnel est soigneusement surveillé par le Dr Diane Hughes, qui est bien trop humaine pour son poste à la NSA. Luttant lors de ses premières missions à la NSA, Jake doit prouver sa valeur et obtenir des résultats, sinon il risque d'être enfermé pour "recherche".