La Major Motoko Kusanagi est une cyborg à la fois belle et mortelle, chef de l'équipe de la Section 9 - l'unité clandestine du gouvernement japonais chargée de lutter contre le terrorisme et la cyber-guerre. Entourée d'une équipe d'experts, Motoko doit faire face à son défi ultime : le Laughing Man - un terroriste qui a orchestré un enlèvement et un complot d'extorsion il y a de nombreuses années et qui réapparaît soudainement. Pour découvrir l'identité de ce criminel énigmatique, Motoko et la Section 9 sont entraînés dans un labyrinthe mortel et devront utiliser toute leur expertise pour survivre.