Dans un Japon alternatif de 1969, un groupe spécial d'adolescents a été réuni dans le cadre d'une opération gouvernementale secrète connue sous le nom d'Égide, pour combattre un ennemi qui tente de s'emparer de la Terre... appelé simplement "l'Envahisseur". L'Envahisseur peut transformer des citoyens ordinaires en zombies sous son contrôle, et seuls les agents de l'Égide, appelés Gardiens de Portes, possèdent la capacité spéciale d'ouvrir la "Porte" qui sépare la dimension de l'Envahisseur de la nôtre, et de pouvoir les éradiquer. La série s'ouvre sur le lycéen ordinaire Ukiya Shun, témoin d'une attaque d'Envahisseur, et réalisant rapidement qu'il fait partie de ceux qui ont des pouvoirs spéciaux, il est intégré à l'Égide. Chaque agent possède une capacité et une méthode d'attaque différentes, allant de flèches magiques à de la musique de piano hallucinogène ! Un autre élément crucial de l'histoire est la jeune Ruriko, une membre expérimentée de l'Égide qui doit travailler dur pour prouver sa valeur après l'arrivée de Shun, manifestement puissant, dans l'équipe.