Dans un monde légèrement futuriste où la Terre est envahie et en guerre contre des extraterrestres venus d'une autre dimension nommée Nova, l'histoire suit les aventures d'un jeune Japonais, Kazuya Aoi. Il s'inscrit pour s'entraîner dans une école spéciale pour filles génétiquement modifiées, appelées Pandoras, qui combattent les extraterrestres, et leurs partenaires masculins, appelés Limiters, qui utilisent un pouvoir spécial appelé "freezing" pour limiter la mobilité de leurs adversaires. Le protagoniste fait la connaissance d'une jeune fille plus âgée et inhabituelle nommée Bridgette L. Satellizer, qui semble être la Pandora la plus puissante de sa classe, mais qui n'a pas encore choisi de partenaire masculin pour être son Limiter. Malgré les avertissements de tous ses amis, il décide d'être son Limiter.