L'histoire tourne autour de Haruka Nanase, un garçon qui a toujours adoré être immergé dans l'eau et y nager. Avant d'obtenir son diplôme de l'école primaire, il a participé à un tournoi de natation avec ses camarades du club de natation, Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki et Rin Matsuoka. Après avoir remporté la victoire, chacun des garçons a pris des chemins séparés. Le temps a passé, et au milieu de leurs vies lycéennes sans histoire, Rin réapparaît et défie Haruka lors d'un match, lui montrant sa puissance écrasante. Ne voulant pas que cela se termine ainsi, Haruka réunit à nouveau Makoto et Nagisa et intègre un nouveau membre nommé Rei Ryugazaki pour créer le Club de Natation du Lycée Iwatobi afin de vaincre Rin.