Cowboy Bebop suit trois chasseurs de primes, aussi appelés "cowboys", qui tentent tous de fuir leur passé. Aussi différents qu'ils sont mortels, Spike Spiegel, Jet Black et Faye Valentine forment une équipe hétéroclite et sarcastique, prête à traquer les criminels les plus dangereux du système solaire – pour le bon prix. Mais ils ne pourront pas toujours se sortir de leurs ennuis à coups de pied et de répliques cinglantes avant que leur passé ne les rattrape enfin.