Complications suit un médecin de banlieue désillusionné, John Ellison, qui, tout en faisant face aux effets émotionnels de la mort de sa fille, devient de manière inattendue un héros vigilant lorsqu'il intervient lors d'une fusillade, sauvant la vie d'un jeune garçon. Lorsque John apprend que le garçon est toujours marqué pour la mort, il se sent obligé de le sauver à tout prix. À travers ce parcours, il doit compromettre sa morale, faisant souvent la mauvaise chose pour toutes les bonnes raisons. La série met également en avant Gretchen, une infirmière imprudente mais compétente ; la femme de John, Samantha, qui, tout en essayant de soutenir son mari, lutte avec ses propres problèmes ; et la collègue de John, Dr. Bridget O'Neill, qui se retrouve à gérer les conséquences de ses actions.