Batman Beyond raconte l'histoire de Terry McGinnis, un adolescent ordinaire... jusqu'à ce que son père soit mystérieusement assassiné. Soupçonnant un acte criminel au sein de l'entreprise de son père, Wayne/Powers Corporation, Terry rencontre Bruce Wayne et découvre une identité secrète cachée depuis des décennies. Maintenant trop vieux pour combattre l'injustice, Wayne est une ombre amère de lui-même et refuse d'aider. Alors Terry fait ce que ferait n'importe quel jeune imprudent : il vole le Batsuit et prend les choses en main ! Jurant de venger la mort de son père, Terry revêt le costume high-tech - équipé de fusées pour voler, d'un microphone hypersensible pour écouter aux portes et même de capacités de camouflage - à la recherche de l'assassin de son père.