Tokidoki est un lycéen japonais qui, après avoir échoué à son cours d'histoire, est envoyé dans un musée d'histoire high-tech qui recrée virtuellement la période Edo pour rattraper ses lacunes. Cependant, ce qui devait être un simple projet scolaire devient beaucoup plus compliqué lorsqu'il est attaqué par deux êtres surnaturels connus sous le nom de "le nue" et "le yakou" et perd la vue de son œil gauche. Après avoir été sauvé du nue par une jeune fille nommée Kuchiha, il réalise qu'il ne porte plus les lunettes de simulation et qu'il est piégé dans l'Edo virtuel.