Absentia suit une agente du FBI qui, alors qu'elle traque l'un des tueurs en série les plus notoires de Boston, disparaît sans laisser de trace et est déclarée morte. Six ans plus tard, elle est retrouvée dans une cabane dans les bois, à peine vivante et sans aucun souvenir des années de sa disparition. De retour chez elle, elle découvre que son mari s'est remarié et que son fils est élevé par une autre femme. Elle se retrouve bientôt impliquée dans une nouvelle série de meurtres.