El Prisionero cuenta la historia de un hombre, Seis, que se despierta para encontrarse inexplicablemente atrapado en un lugar misterioso y surrealista, La Aldea, sin ningún recuerdo de cómo llegó allí. Mientras explora frenéticamente su nuevo entorno, descubre que los residentes de la Aldea son identificados por un número, no tienen memoria de ninguna existencia previa y están bajo constante vigilancia. La Aldea está controlada por un hombre: el siniestro y carismático Dos. A lo largo de la serie, Seis y Dos están inmersos en una batalla de ingenio, mientras Seis desafía la naturaleza opresiva de La Aldea y lucha por descubrir la verdad detrás de ella.