En un mundo de un futuro cercano, tras la última gran guerra, la mayor parte de la humanidad vive en un puñado de ciudades-estado. Allí, para la élite privilegiada, la vida debería ser perfecta. Pero para el joven Shion, lo único perfecto ha sido la pesadilla en la que se ha convertido su vida desde que permitió que un chico extraño llamado Nezumi pasara la noche en su apartamento. Desterrado a las afueras de la ciudad y despojado de todos sus privilegios por ayudar al misterioso desconocido que ha desaparecido desde entonces, Shion ahora se encuentra en un peligro aún mayor, ya que su investigación sobre una nueva serie de misteriosas muertes resulta en su arresto bajo sospecha de asesinato. Pero incluso mientras Shion es enviado al Instituto Correccional de la ciudad, el desaparecido Nezumi reaparece para rescatarlo. Ahora, huyendo, los dos jóvenes solo tienen una oportunidad de sobrevivir: ¡descubrir los misteriosos secretos que yacen en el siniestro corazón de No. 6!