Kobato es una chica dulce, alegre, linda pero ingenua que tiene un contrato: para ir a un lugar determinado, debe llenar una misteriosa botella con los "corazones sanados" de las personas. Sin embargo, la restricción es que debe terminar antes de que las cuatro estaciones concluyan. Mientras Kobato intenta cumplir su misión, está acompañada por Ioryogi, un espíritu en forma de peluche de perro. Debido a que Ioryogi es responsable de un castigo que se le ha impuesto a él y a sus amigos del mundo espiritual, debe guiar a Kobato y asegurarse de que complete su misión, para que él y sus amigos puedan regresar a sus verdaderas formas.