La historia gira en torno a Haruka Nanase, un chico que siempre ha amado estar sumergido en el agua y nadar en ella. Antes de graduarse de la escuela primaria, participó en un torneo de natación junto con sus compañeros del club de natación, Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki y Rin Matsuoka. Tras lograr la victoria, cada uno de los chicos tomó caminos separados. Pasó el tiempo y, en medio de sus tranquilas vidas de secundaria, Rin aparece y desafía a Haruka a un combate, mostrándole su abrumador poder. Sin querer que esto termine así, Haruka reúne de nuevo a Makoto y Nagisa y trae a un nuevo miembro llamado Rei Ryugazaki para crear el Club de Natación de la Escuela Secundaria Iwatobi con el fin de derrotar a Rin.