Complicaciones se centra en el desilusionado doctor suburbano John Ellison, quien, mientras aún lidia con los efectos emocionales de la muerte de su hija, se convierte inesperadamente en un héroe vigilante cuando interviene en un tiroteo, salvando la vida de un niño. Cuando John descubre que el niño aún está marcado para morir, se siente obligado a salvarlo a cualquier costo. A lo largo de este viaje, debe comprometer sus principios, a menudo haciendo lo incorrecto por todas las razones correctas. La serie también presenta a Gretchen, una enfermera imprudente pero capaz; a la esposa de John, Samantha, quien, mientras intenta apoyar a su esposo, lucha con sus propios problemas; y a la compañera de trabajo de John, la doctora Bridget O'Neill, quien se encuentra lidiando con las consecuencias de sus acciones.