Mehrere Jahre nach der vorherigen Yu-Gi-Oh!-Serie folgt GX einer neuen Generation von Duellanten an der renommierten Duellakademie – einem hochkompetitiven Internat, in dem Bleistifte und Bücher durch Duell-Disks und Monsterkarten ersetzt wurden! Doch für diese aufstrebenden Schüler geht es nicht nur darum, gute Noten zu erzielen – es geht darum, der nächste König der Spiele zu werden!