Die Legende besagt, dass das rätselhafte Millennium-Puzzle jedem, der seine alten Geheimnisse entschlüsselt, einen Wunsch gewährt. Nach dessen Lösung entfesselt der Schüler Yuugi Mutou "ein anderes Yuugi", eine seltsame Präsenz, die darin gefangen ist. Immer wenn er vor einem Dilemma steht, erscheint dieser mysteriöse Alter Ego und hilft ihm aus der Patsche. Um das Geheimnis hinter diesem seltsamen Geist zu lüften, treten Yuugi und seine Gefährten gegen mehrere Gegner im "Duel Monsters" an, einem herausfordernden Kartenspiel, das von Leuten genutzt wird, die das Millennium-Puzzle stehlen wollen, um dessen immense Macht an sich zu reißen. Während die Fragen sich häufen, wird schnell klar, dass bei diesen Duellen mehr als nur der Stolz auf dem Spiel steht.