Das Jahr ist T.C. 4767. Viertausend Jahre sind vergangen, seit die Menschheit ihren Geburtsort, den Planeten Erde, verlassen hat. Bedrängt von den feindseligen Außerirdischen Gnosis, sucht die Menschheit nun verzweifelt nach Wegen, diese Bedrohung für ihre Existenz zu besiegen. Die Entwicklung von KOS-MOS (eines spezialisierten Androiden mit erstaunlichen Fähigkeiten) durch die Vector-Ingenieurin Shion Uzuki war eine Reaktion auf diese Bedrohung.