Headmasters beginnt mit Galvatron, der eine neue Gruppe von Destrons anführt, um Krieg gegen Seibertron, die Destron Headmasters, zu führen. Die Cybertrons werden durch die Ankunft der Cybertron Headmasters gerettet, angeführt von Fortress (Cerebros, dem Kopf von Fortress Maximus). Es wird enthüllt, dass Fortress Seibertron vor Millionen von Jahren auf der Suche nach Energie verlassen hat und es endlich geschafft hat, nach Hause zurückzukehren. Er erklärt, dass die Headmasters von einem Planeten namens Master stammen; die dort lebenden, menschengroßen Roboter haben sich Transformer-große Körper gebaut.