Seit der schicksalhaften Schlacht gegen Unicron sind 10 Jahre vergangen. Viele der Decepticons, die in der Schlacht gegen Unicron kämpften, haben sich mit den Autobots zusammengetan, um Energon, eine alternative Energiequelle, abzubauen. Doch eine neue böse Macht ist erwacht: Alpha Q, der mit Hilfe von Scorponok und den Terrorcons das Energon von den Autobots stehlen will. Dieses neue Übel versucht, Megatron und Unicron wiederzuerwecken, um die alten Kriegsflammen neu zu entfachen.