Weit über das Universum hinweg tobt ein erbitterter Kampf auf dem fernen Planeten Cybertron. Dort prallen die heldenhaften Autobots und die bösen Decepticons über eine Gruppe von Robotern namens Mini-Cons aufeinander, deren Macht die Fähigkeiten eines Transformers im Kampf verbessern kann. Da die Schlacht um die Mini-Cons zu kostspielig wurde, schickten die Transformers die Mini-Cons in einem großen Schiff von Cybertron weg. Doch als das Schiff auf einem abgelegenen Planeten abstürzt, löst dies eine Kette von Ereignissen aus, die schließlich dazu führt, dass die erbitterte Rivalität zwischen den Autobots und Decepticons auf der Erde ausgetragen wird. Auf der Erde beginnt der Kampf um die Mini-Cons von Neuem, wobei die Autobots neue menschliche Verbündete gewinnen, um alle wertvollen "Smart Tools" zu finden, bevor die Decepticons ihre Macht nutzen können, um die Herrschaft über die Galaxie zu erlangen... doch während der Kampf tobt, lauert ein größeres Übel in den Schatten, der riesige Planetenkiller Unicron...