Der Fluss folgt der Geschichte des Wildtierexperten und TV-Persönlichkeit Emmet Cole. Emmet brach mit seiner Frau Tess und seinem Sohn Lincoln zu einer Reise um die Welt auf, während sie das drehten, was eine der beliebtesten Shows im Fernsehen werden sollte. Nachdem er tief im Amazonas verschwunden ist, machen sich seine Familie, Freunde und Crew auf eine mysteriöse und tödliche Reise, um ihn zu finden. Der berühmte Entdecker Dr. Emmet Cole suchte nach Magie tief im unerforschten Amazonas und kehrte nie zurück. Die schockierende Wahrheit über sein Verschwinden liegt irgendwo da draußen, nur darauf wartend, entdeckt zu werden. Für die Millionen von Kindern, die mit seiner Naturshow aufgewachsen sind, war Dr. Cole ein Held. Für seinen eigenen Sohn Lincoln war er eher ein Rätsel. Jetzt, sechs Monate nach seinem Verschwinden, ist Lincoln endlich bereit, die Vergangenheit zu begraben, als plötzlich das Notrufsignal von Dr. Cole losgeht. Auf Drängen seiner Mutter Tess schließt sich Lincoln widerwillig ihr an, um seinen Vater zu suchen. Um die Rettung zu finanzieren, stimmen sie zu, dass Dr. Coles zwielichtiger Ex-Produzent Clark die Mission im Dokumentarstil filmt.